Васькин Ю. Ю., Хомичева И. В., Игнатьева Е. В., Витяев Е. Е. "АНАЛИЗ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ РЕГУЛЯТОРНЫХ РАЙОНОВ ГЕНОВ РЕЛЯЦИОННОЙ СИСТЕМОЙ EXPERT DISCOVERY, ВСТРОЕННОЙ В ПАКЕТ UGENE"

АНАЛИЗ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ РЕГУЛЯТОРНЫХ РАЙОНОВ ГЕНОВ РЕЛЯЦИОННОЙ СИСТЕМОЙ EXPERT DISCOVERY,
ВСТРОЕННОЙ В ПАКЕТ UGENE

Задача автоматического восстановления иерархической структуры регуляторной области эукариотического
гена поставлена на стыке биологии, математики и информационных технологий. Решение этой задачи предпола-
гает понимание сложных механизмов регуляции генов эукариот и применение интеллектуальных технологий для
многопараметрического анализа. В данной работе приведено описание интегрированной системы, которая реали-
зует метод реляционного анализа биологических данных. Система позволяет учитывать доступную биологу апри-
орную информацию об анализируемых данных, осуществлять анализ на каждом уровне организации регулятор-
ного района, последовательно производить поиск решения от простой гипотезы к более сложной. Интеграция
систем предоставляет удобную среду для проведения комплексных исследований и автоматизации работы экс-
перта-биолога.

Ключевые слова: комплексный сигнал, иерархический анализ, интегрированная система, реляционный подход,
распознавание, регуляторные районы генов, аннотация.

Yu. Yu. Vaskin, I. V. Khomicheva, E. V. Ignatieva, E. E. Vityaev
ANALYSIS OF REGULATORY REGIONS OF GENES BY EXPERTDISCOVERY RELATION SYSTEM,
INTEGRATED INTO UGENE TOOLKIT

The task of automatic extraction of hierarchical structure of eukaryotic gene regulatory region is posed on the junction
of the fields of biology, mathematics and information technologies. A solution of the problem implies understanding of
the sophisticated mechanisms of eukaryotic gene regulation and applying data mining technologies for analysis with many
features. The paper discusses the integrated system implementing a powerful relation mining of biological data. The system
allows taking into account prior information about the analyzed data that is known by the biologist, performing the
analysis on each hierarchical level, searching for a solution from a simple hypothesis to a complex one. The integration of
the system provides a convenient environment for conducting complex research and automating the work of the biologist.

Keywords: complex signal, hierarchical analysis, integrated system, relation data mining, recognition, genes regulatory
regions, annotation.

Вестник НГУ, серия "Информационные технологии", Том 10, Выпуск 1
Страницы 73-86